La FSO s'implique activement dans la politique suisse de la santé et est un interlocuteur compétent pour les autorités nationales et cantonales.

Les partenaires de la FSO sont notamment l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) pour ce qui a trait à la loi sur les professions de la santé LPSan, la Croix-Rouge suisse (CRS) concernant la procédure de reconnaissance et la Conférence des directeurs cantonaux de la santé (CDS) en matière de lois et d'ordonnances cantonales sur la santé.